মাদ্রাসায় শিশু নির্যাতনের অভিযোগ সুরক্ষাব্যবস্থার ঘাটতি নিয়ে প্রশ্ন তুলেছে। প্রতিষ্ঠানভিত্তিক সুনির্দিষ্ট পরিসংখ্যান না থাকায় এসব ঘটনার ব্যাপকতা নির্ধারণ কঠিন বলে মানবাধিকারকর্মীরা জানিয়েছেন।

আইন ও সালিশ কেন্দ্রের সংগৃহীত তথ্য এবং পরিচয় গোপন রেখে অভিজ্ঞতা সংগ্রহকারী একটি অনলাইন উদ্যোগে বিভিন্ন অভিযোগের বিবরণ এসেছে। অভিযোগ, সংগৃহীত বিবরণ ও আদালতে প্রমাণিত অপরাধ এক বিষয় নয়। তথ্যঘাটতি দূর করা এবং শিশুদের অভিযোগ জানানোর সুযোগ নিশ্চিত করার প্রশ্ন সামনে এসেছে।